银行保函与担保公司保函在法律性质和实际应用中存在显著差异。以下是对两者区别的详细分析：

一、定义与性质

银行保函是指银行作为担保人向受益人发出的担保文件，承诺在被保证人未履行某项义务时，按照保函的内容承担付款责任。银行保函具有银行信用作为支撑，通常被视为一种较为可靠的担保方式。

担保公司保函则是由专业的担保公司出具，为被担保人向受益人提供的担保。担保公司保函的法律效力与银行保函相似，但其信用基础依赖于担保公司的资信状况和经营实力。

二、出具主体与风险承担

银行保函的出具主体是银行，银行作为金融机构，拥有雄厚的资金实力和良好的信用记录。因此，银行保函在受益人心中具有较高的可信度，且银行在承担付款责任时，通常能够迅速、有效地履行义务。

担保公司保函的出具主体是担保公司，其资金实力和信用状况因公司而异。虽然担保公司在出具保函时也会进行严格的风险评估，但其风险承担能力可能无法与银行相提并论。因此，在选择担保公司保函时，受益人需要更加谨慎地评估担保公司的资信状况。

三、适用范围与灵活性

银行保函通常适用于国际贸易、工程承包、投标招标等涉及大额资金往来的领域。由于银行保函的信用度高，因此在这些领域中被广泛使用。

担保公司保函的适用范围则相对更为广泛，不仅可以用于上述领域，还可以用于中小企业融资、个人消费信贷等场景。担保公司保函在灵活性方面更具优势，能够根据具体业务需求进行定制化设计。

综上所述，银行保函与担保公司保函在定义与性质、出具主体与风险承担以及适用范围与灵活性等方面存在显著差异。在选择使用哪种保函时，需要根据具体业务需求、风险承受能力以及出具主体的资信状况等因素进行综合考虑。