1、 有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。

2、个别 “代理记账公司”没有代理记账资质（市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等），发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。

3、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。

4、 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。

5、代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务

采取针对性措施，积极推动代理记账的实施。关于代理记账的推动及实施，我们认为除了有关部门单位大力宣传以外，应当由税务部门牵头推动其实施。一是税务部门同规模较小的单位组织，特别是一些规模较小的经营组织和个体工商户联系紧密，推广工作力度大；二是税务部门本身有这方面的经验，一方面，税务部门在建制建账上有着丰富的经验，另一方面，前几年税务部门曾进行过组织、督促小型经济组织及个体工商户建制建账工作，只是由于种种原因没有坚持下来；再有就是现有的税务师事务所可以马上开展这项业务。当然，代理记账仅仅靠税务部门一家是不够的，其他符合法律要求的中介组织和机构，也应当积极开展这方面的业务，为代理记账创造必要的条件。

做账，指会计进行账务处理的过程。从开始记账入册直到结算的全过程以及其中的环节都叫做账， [1]是指会计进行账务处理的过程，一般从开始填制凭证到编制报表结束的整个过程（也称会计实务）。

业务发票处理 将当月填开和取得发票分类入账，按照发票的性质分别通过存货、现金、银行存款、往来账户、应交税费以及费用科目进行核算。将全部专用发票入账后，查看进项税额和销项税额明细账的金额合计，是否与当月防伪税控开票系统统计的金额以及网上认证返回的认证金额是否一致，然后计算当月缴纳税金金额。