苍蝇可传播的疾病多达几十种，其中常见的有：痢疾、甲型肝炎、急性胃肠炎、食物中毒、砂眼、小儿麻痹、蛔虫、霍乱、伤寒、炭疽、破伤风、脊髓灰质炎、病毒性肝炎、囊虫病、蛔虫病等；蚊子传播疟疾、乙型脑炎、丝虫病、登革热、黄热病等疾病；老鼠传播各种人畜共患疾病，能携带200余种病原体，其中能使人致病的有57种，对人类危害大的有：鼠疫、流行性出血热、钩端螺旋体病等；蟑螂传播痢疾、伤寒、小儿麻痹、腺病毒、病毒性肝炎、沙门氏菌、肝炎、蛔虫病等疾病，此外还能使食物霉变产生致癌的黄曲霉素。
消灭“四害”，减少发病，保护了人民的身体健康。经过数十年的除“四害”工作，大多数以“四害”为传媒的疾病得到了有效的控制，许多曾经肆虐横行，给人民生活造成严重危害的传染病如霍乱、鼠疫以及疟疾、丝虫病、流行性脑炎、登革热等，有些达到消灭或基本消灭，有些则降到很低水平，相关传染病的发病率也大幅度地下降，尤其在城市，疾病谱、死亡谱发生了改变。人们的期望寿命延长，除“四害“与灭病的关系已无昔日那么突出和直接，但仍然还是一些传染病流行的重要原因。
不同的传播机制引起的传染病，消毒的效果有所不同。肠胃道传染病，病原体随排泄物或呕吐物排出体外，污染范围较为局限，如能及时正常地进行消毒，切断传播途径，中断传播的效果较好。呼吸道传染病，病原体随呼吸、咳嗽、喷嚏而排出，再通过飞沫和尘埃而播散，污染范围不确切，进行消毒较为困难。须同时采取空间隔离，才能中断传染。虫媒传染病则采取杀虫灭鼠等方法。
中水平消毒
杀灭除细菌芽孢以外的各种病原微生物包括分枝杆菌。达到中水平消毒常用的方法包括采用碘类消毒剂（碘伏、氯己定碘等）、醇类和氯己定碘的复方、醇类和季铵盐类化合物的复方、酚类等消毒剂，在规定条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
低水平消毒
能杀灭细菌繁殖体（分枝杆菌除外）和亲脂类病毒的化学消毒方法以及通风换气、冲洗等机械除菌法。如采用季铵盐类消毒剂（苯扎溴铵等）、双胍类消毒剂（氯己定）等，在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。